Buchhaltung für die Physiotherapie-Praxis in der Schweiz

Eine Buchhaltung für die Physiotherapie-Praxis ist kleiner, als sie sich anfühlt. Die schwierige Arbeit, die Abrechnung nach Tarif, erledigt schon die Praxissoftware. Was übrig bleibt, ist die Frage, ob das Geld angekommen ist und wofür du Geld ausgegeben hast. Genau diese Hälfte bleibt oft liegen: Belege für Material in der Schublade, Sammelzahlungen der Kassen, die niemand zuordnet, und am Jahresende ein Stapel für den Treuhänder.

Die Seite gilt für selbständige Physiotherapeutinnen und Physiotherapeuten mit eigener Praxis, allein oder mit wenigen Angestellten. Für Psychotherapie und Ergotherapie gibt es weiter unten einen eigenen Abschnitt.

Was in der Praxis-Buchhaltung anfällt

Eine kleine Physio-Praxis hat eine überschaubare Liste. Das gehört in die Buchhaltung:

• Zahlungen für verordnete Behandlungen. Je nach Abrechnung zahlt die Patientin oder die Krankenkasse. Mehr dazu im Abschnitt Krankenkasse.
• Selbstzahler. Behandlungen ohne Verordnung, Trainings oder Kurse, die jemand selbst bezahlt, bar, per TWINT oder mit Karte.
• Gebühren für Kartenzahlungen. Zahlt jemand CHF 120 mit Karte, landet weniger auf deinem Konto. Die Gebühr ist eine Ausgabe.
• Praxismiete und Nebenkosten. Meist der grösste feste Betrag.
• Geräte und Material. Liege, Trainingsgeräte, Tape, Verbrauchsmaterial, Hygieneartikel.
• Software und Versicherungen. Die Praxissoftware selbst, Berufshaftpflicht, Verbandsbeitrag.
• Weiterbildung. Kurse, Fachliteratur und Reisekosten dafür.

Wer Bargeld annimmt, braucht dafür ein Kassenbuch. Wie das geht, zeigt der Ratgeber Kassenbuch führen.

Praxissoftware und Buchhaltung: zwei Aufgaben

Physiotherapeutinnen rechnen nach einer schweizweit einheitlichen Tarifstruktur ab, der Wert pro Taxpunkt wird kantonal festgelegt (Quelle: physioswiss). Das übernimmt die Praxissoftware: Sie kennt die Tarifpositionen, schreibt die Rechnung und schickt sie an Patientin oder Kasse.

Die Buchhaltung beginnt danach. Sie hält fest, was auf dem Konto angekommen ist, was du ausgegeben hast und was am Jahresende übrig bleibt. Dafür reicht ein einfaches Programm, das Konto, Belege und Zahlungsabrechnungen zusammenbringt.

Wie das Geld der Krankenkasse ankommt

Die Grundversicherung übernimmt Physiotherapie, wenn eine Ärztin oder ein Arzt sie angeordnet hat (Art. 5 KLV). Wer zahlt, regelt das Krankenversicherungsgesetz in zwei Varianten (Art. 42 KVG):

• Tiers garant: Die Patientin schuldet dir die Rechnung und holt sich das Geld bei ihrer Kasse zurück. So gilt es, wenn Versicherer und Praxis nichts anderes vereinbart haben. Für dich ist es eine normale Zahlung einer Patientin.
• Tiers payant: Versicherer und Praxis vereinbaren, dass die Kasse direkt bezahlt. Dann kommen oft mehrere Rechnungen in einer Überweisung.

Für die Buchhaltung ist beides einfacher, als es klingt: Das Geld auf deinem Konto ist deine Einnahme. Kommt eine Sammelzahlung, erfasst du sie als eine Einnahme. Welche Patientinnen darin stecken, zeigt dir die Praxissoftware, das musst du nicht noch einmal abtippen.

Heilbehandlung und MWST

Für viele Physio-Praxen spielt die Mehrwertsteuer kaum eine Rolle. Das Gesetz nennt Physiotherapeutinnen und Physiotherapeuten ausdrücklich. Ihre Heilbehandlungen sind von der MWST ausgenommen, wenn sie die nach kantonalem Recht nötige Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung haben (Art. 21 Abs. 2 Ziff. 3 MWSTG, Art. 35 MWSTV).

Als Heilbehandlung gilt die Feststellung und Behandlung von Krankheiten, Verletzungen und anderen Störungen der Gesundheit sowie die Vorbeugung (Art. 34 Abs. 1 MWSTV). Nicht dazu gehören Behandlungen, die nur das Wohlbefinden oder die Leistungsfähigkeit heben oder nur aus ästhetischen Gründen gemacht werden (Art. 34 Abs. 3 MWSTV). Solche Leistungen sind steuerbar.

Steuerpflichtig wirst du erst, wenn diese steuerbaren Leistungen im Jahr CHF 100'000 erreichen. Umsatz aus ausgenommenen Heilbehandlungen zählt für diese Grenze nicht mit (Art. 10 Abs. 2 MWSTG).

Bist du steuerpflichtig, ist der Saldosteuersatz für eine kleine Praxis oft die einfachste Methode. Wie er funktioniert: Saldosteuersatz einfach erklärt. Dieselbe Frage Heilbehandlung oder Wellness stellt sich auch in der Massagepraxis.

Wie Kontli die Buchhaltung erledigt

Kontli ist für kleine Betriebe gebaut, die ihre Buchhaltung selbst machen und dafür kein Fachwissen haben wollen. Für eine Praxis zählen vier Funktionen.

Beleg fotografieren, Kontli liest ihn aus

Du kaufst Tape, zahlst die Praxismiete oder buchst einen Kurs: Beleg abfotografieren. Kontli liest Betrag, Datum und Lieferant aus und schlägt die Kategorie vor. Du prüfst und speicherst. Im Tarif Kontli sind 50 ausgelesene Belege pro Monat inklusive.

Kontoauszug einlesen und abgleichen

Du lädst den Kontoauszug deiner Bank hoch, und Kontli vergleicht ihn mit dem, was schon erfasst ist. Du siehst, was stimmt und was fehlt, zum Beispiel eine Sammelzahlung der Krankenkasse, die noch nicht gebucht ist.

TWINT und SumUp als Ganzes einlesen

Zahlen Selbstzahler per TWINT oder Karte, lädst du die Abrechnung hoch. Kontli erfasst alle Zahlungen auf einmal: die Einnahme in voller Höhe, die Gebühr als Ausgabe und die Auszahlung aufs Konto.

Einfacher Modus: wie ein Kassenbuch

Im einfachen Modus erfasst du nur Einnahmen und Ausgaben. Im Hintergrund läuft trotzdem die doppelte Buchführung, die dein Treuhänder erwartet. Braucht er die vollständige Ansicht, schaltest du sie mit einem Klick ein.

Hast du Angestellte, enthält der Tarif Pro den Lohn für bis zu sechs Mitarbeitende mit Lohnausweis. Für ein grösseres Zentrum mit vielen Angestellten passt ein grösseres Paket besser. Alle Funktionen stehen unter Tarife.

Psychotherapie und Ergotherapie

Für Psychotherapeutinnen, Psychologinnen und Ergotherapeuten gilt bei der Buchhaltung fast dasselbe wie in der Physiotherapie. Auch sie sind in der Verordnung als Heilberufe genannt (Art. 35 Abs. 2 MWSTV), ihre Heilbehandlungen sind mit Berufsausübungsbewilligung von der MWST ausgenommen.

Bei der psychologischen Psychotherapie übernimmt die Grundversicherung die Kosten, wenn eine Ärztin oder ein Arzt die Therapie angeordnet hat (Art. 11b KLV). Abgerechnet wird über die Praxissoftware. Für die Buchhaltung bleibt es bei der gleichen Arbeit: Zahlungen auf dem Konto, Selbstzahler, Miete, Supervision und Weiterbildung.

Was dein Treuhänder bekommt

Viele führen die laufende Buchhaltung selbst und geben einmal im Jahr alles dem Treuhänder für Abschluss und Steuererklärung. Für die Übergabe liefert Kontli:

• Eine echte doppelte Buchführung mit dem Schweizer Kontenplan für KMU, keine blosse Liste.
• Einnahmen und Ausgaben und die Übersicht über Vermögen und Schulden, laufend aktuell.
• Export als CSV und PDF, damit dein Treuhänder direkt weiterarbeiten kann. Und du kommst jederzeit mit deinen Daten wieder heraus.

Die Verantwortung für den Abschluss bleibt bei dir und deinem Treuhänder. Du übergibst aber eine ordentliche Buchhaltung statt eines Ordners voller Belege.

Häufige Fragen

Welche Buchhaltung eignet sich für eine Physiotherapie-Praxis?

Eine, die neben der Praxissoftware läuft: Belege per Foto, Kontoauszug einlesen, TWINT- und SumUp-Abrechnungen als Ganzes, und im Hintergrund eine echte doppelte Buchführung für Steuererklärung und Treuhänder. Die Abrechnung mit den Krankenkassen bleibt in der Praxissoftware. Kontli ist für die kleine Praxis gebaut, ab CHF 19 im Monat im Jahresabo.

Muss ich als Physiotherapeutin MWST zahlen?

Physiotherapeutinnen und Physiotherapeuten sind im Gesetz ausdrücklich genannt: Ihre Heilbehandlungen sind von der MWST ausgenommen, wenn sie die kantonale Berufsausübungsbewilligung haben (Art. 21 Abs. 2 Ziff. 3 MWSTG, Art. 35 MWSTV). Steuerpflichtig wird erst, wer mit nicht ausgenommenen Leistungen CHF 100'000 Umsatz im Jahr erreicht (Art. 10 Abs. 2 MWSTG). Leistungen, die nur dem Wohlbefinden oder der Leistungsfähigkeit dienen, gelten nicht als Heilbehandlung (Art. 34 Abs. 3 MWSTV). Ob das auf deine Praxis zutrifft, klärst du mit deinem Treuhänder oder bei der ESTV.

Wie buche ich die Zahlungen der Krankenkasse?

Rechnest du im Tiers payant ab, zahlt die Kasse direkt und oft mehrere Rechnungen in einer Überweisung. Rechnest du im Tiers garant ab, zahlt die Patientin dich und holt sich das Geld bei der Kasse zurück (Art. 42 KVG). In beiden Fällen ist das Geld auf deinem Konto deine Einnahme. Welche Rechnungen in einer Sammelzahlung stecken, zeigt dir die Praxissoftware.

Brauche ich als Physiotherapeut einen Treuhänder?

Pflicht ist das nicht, ein Einzelunternehmen darf die Buchhaltung selbst führen. Viele erledigen die laufende Buchhaltung selbst und geben einmal im Jahr einen Export an den Treuhänder für Abschluss und Steuererklärung. Bei der Frage, welche deiner Leistungen von der MWST ausgenommen sind, lohnt sich eine fachkundige Abklärung.

Kontli für andere Branchen

Noch nicht so weit? Rechne zuerst aus, wie viel Zeit deine Buchhaltung heute braucht.

Angaben Stand 5. November 2026 nach bestem Wissen und ohne Gewähr; keine Steuer- oder Rechtsberatung. Gesetzesstellen abgerufen auf fedlex.admin.ch am 5. November 2026: Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) Art. 10 und 21; Mehrwertsteuerverordnung (MWSTV, SR 641.201) Art. 34 und 35; Bundesgesetz über die Krankenversicherung (KVG, SR 832.10) Art. 42; Krankenpflege-Leistungsverordnung (KLV, SR 832.112.31) Art. 5 und 11b. Tarifstruktur: physioswiss.ch, abgerufen am 5. November 2026. Regeln und Tarife können sich ändern und hängen vom Einzelfall ab, im Zweifel mit der ESTV oder deinem Treuhänder klären.